Územie Bardejovského okresu sa rozprestiera v severovýchodnej časti Východoslovenského kraja medzi 49°04´ a 49°27´ severnej zemepisnej šírky a medzi 19°58´ a 21°47´ východnej zemepisnej dĺžky. Čergovské pohorie s najvyšším vrchom Minčolom (1157 m) zaberá západnú časť územia. Beskydy sú pre svoje zachovane prírodne hodnoty chránenou krajinnou oblasťou. V okolí mesta sa nachádzajú chránene statne prírodne Rezervácie - Stebnícka Magura a Zborovský hradný vrch.