Neďaleko chrámu sv. Trojice stojí budova jedného z najvýznamnejších školských ústavov a najvýznamnejšia pamiatka na protestantské školstvo v našich kultúrnych dejinách. O založení prešovského evanjelického kolégia rozhodli delegáti hornouhorských protestantských stavov na zasadnutí v Košiciach 18. marca 1665. Zamýšľali zriadiť vyššiu evanjelickú školu, ktorá mala byť dôstojnou protiváhou jezuitskej univerzity v Trnave. V nasledujúcom roku bol položený jej základný kameň a o ďalší rok na jeseň sa začala výučba na novej škole. Náhlym zvratom politického vývinu v krajine po Wesselényiho sprisahaní došlo však r. 1671 k násilnému prerušeniu tohto sľubného vývinu. Budovu obsadilo vojsko, dva roky nato (1673) ju dostali jezuiti a zriadili si v nej svoju rezidenciu. Evanjelické Kolégium bolo zrušené a profesori museli opustiť mesto.