Systematické triedenie, čiže usporiadanie živých organizmov do skupín podľa charakteristických znakov, sa označuje termínom taxonómia. Z viacerých systémov vypracovaných v minulosti sa pri baktériách v súčasnosti uplatňuje jediný, nazvaný podľa amerického mikrobiológa Bergeyho. Založil a viedol v tridsiatych rokoch nášho storočia tzv. Manual Trust, skupinu systematikov, ktorí zhromažďovali a spracovávali v danom období dostupné poznatky o baktériách. Vydali r. 1923 dielo s názvom Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, s ktorým súvisí systém nazvaný Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology a ktorý sa dočkal v r. 1984 svojho 9. vydania. Hoci ešte v 7. vydaní manuálu sa vychádzalo zo zaradenia baktérií medzi rastliny a názvoslovie sa pridŕžalo botanického úzu, v 8. vydaní z roku 1974 sa bakteriológia definitívne rozišla s botanikou a všetky prokaryotické organizmy - eubaktérie, archaeabaktérie i cyanobaktérie - sa zaradili do ríše Procaryotae. Podľa najnovšieho (9.) vydania sa ríša Procaryotae delí na štyri oddelenia...