Uhrádza sa, podľa § 17, skutočná škoda a ušlý zisk. V prípade, ak iba samotné konštatovanie porušenia práva nie je dostatočným zadosťučinením vzhľadom na ujmu spôsobenú nezákonným rozhodnutím alebo nesprávnym úradným postupom, uhrádza sa aj nemajetková ujma v peniazoch, ak nie je možné uspokojiť ju inak.
K vyčísleniu výšky priamej škody a výšky priamych nákladov bola pod gesciou podpredsedu vlády SR pre európske záležitosti, ľudské práva a menšiny vytvorená pracovná skupina gestorov, ktorej členovia boli nominovaní priamo ministrami vlády SR. Uvedená pracovná skupina pracovala na základe konzultácií s DG REGIO, DG AGRI, informácií zaslaných Stálym zastúpením SR pri ES a za aktívnej spolupráce veľvyslancov SR v Portugalsku, Francúzsku, Rakúsku, Českej republike. Skupina si prispôsobila a odsúhlasila metodiku vyčíslenia škôd a tú postupne upresňovala na základe údajov poskytovaných príslušnými zodpovednými pracovníkmi ministerstiev, im podriadených organizácií, krajských a okresných úradov, obcí a vyšších územných samosprávnych celkov.