Prvá archívne doložená správa o hlavnom oltári vo farskom kostole pochádza až z 2. polovice 15. storočia. V roku 1466, na základe zmluvy s poľským Majstrom Jakubom zo Sancza, vznikol gotický oltár, ktorý Bardejovčania umiestnili do novej svätyne kostola. Zachovala sa z neho len ústredná plastika sv. Egídia, dnes umiestnená v Kaplnke Panny Márie. Oltár slúžil svojmu účelu takmer 200 rokov. V máji roku 1650 sa ho bardejovská mestská rada rozhodla nahradiť novším oltárom. Pravdepodobne sa to nestalo kvôli zmene štýlového cítenia, prípadne z liturgicko-dogmatických dôvodov, ale pre opotrebovanosť architektúry a celkový zlý stav gotického oltára.V strede oltára, ktorý zaberal celú šírku a temer i výšku svätyne, bola v roku 1655 umiestnená kópia Rubensovho obrazu Prebodnutie kopijou od bardejovského maliara Petra Stöckela. Súčasný Hlavný oltár sv. Egídia je neogotický. Vznikol v roku 1888 podľa návrhov profesora budapeštianskej univerzity Imricha Steindla v bardejovskej dielni akademického sochára Mórica Hölzela. Maľby na oltárnych krídlach, ktoré boli dokončené v roku 1890, sú už dielom iného umelca - Júliusa Aggháziho