Situácia na Slovensku po novembri 1989 v mnohom upravila vzťah Cirkvi a štátu. Medzi prvé pozitívne javy patrilo vymenovanie biskupov pre diecézy. Pastoračná činnosť ako aj materiálne podmienky sa stabilizovali. V roku 2000 bola podpísaná Základná zmluva medzi Svätou stolicou a Slovenskou republikou, ktorá upravuje vzájomné vzťahy a na medzinárodnej úrovni potvrdzuje vytvorenie základných podmienok pre slobodné pôsobenie Katolíckej cirkvi na Slovensku.
Slovensko-vatikánska zmluva bola uzatvorená ako 137. zmluva Svätej stolice so štátmi vo svete. Takéto zmluvy sú v Európe (i v rámci členských štátov Európskej únie) známe. Z krajín bývalého východného bloku medzinárodné zmluvy so Svätou stolicou uzatvorili napríklad aj Poľsko, Maďarsko, Chorvátsko, Juhoslávia, Litva, Estónsko, Lotyšsko a Kazachstan.