Jeho otec, Sir Nicholas Bacon, pochádzal z nižšej šľachty a pôsobil ako vysoký štátny úradník. Okrem iného mal aj titul lorda strážcu pečate. Matka, druhá manželka N. Bacona - Anna Cookova, bola spriaznená s W. Cecilom (lord Burghley), ktorý bol jedným z najvýznamnejších úradníkov v štáte - lord strážca pokladu.
Francis Bacon vyrastal v hojnosti a dostatku. Bol pokladaný za nadané dieťa. Už po jeho narodení sa počítalo s tým, že jedného dňa nastúpi na nejaké významné miesto v službách štátu. A preto dostával aj náležité vzdelanie. Vo svojich 12. rokoch odišiel študovať na univerzitu v Cambridge (pomerne bežný vek na vtedajšiu dobu). Štúdium mu išlo pomerne dobre. No napriek tomu nebol spokojný so spôsobom štúdia. Vystupoval hlavne proti opakovaniu poučiek. Bacon bol proti memorovaniu a podľa jeho názoru sa od memorovania malo prejsť k objavovaniu niečoho nového. Táto predstava prestavby vtedajšieho poznania a prebudovania vedy Bacona už nikdy neopustila....