Kukurica je veľmi stará rastlina. Spôsob jej domestikácie je jednou z najväčších záhad genetiky. Predpokladá sa, že kukurica vznikla vývojom a selekciou z teosintu (skupina amerických tráv z rodu Zea), s ktorým si však dnes kultúrna kukurica nie je vzhľadovo príliš podobná. Na rozdiel od ostatných kultúrnych plodín nie sú známe žiadne medzistupne medzi divokým predchodcom kukurice a kultúrnou plodinou. Kukurica nie je schopná samostatnej existencie bez pomoci poľnohospodára. Záhadu ešte umocňuje fakt, že dávni obyvatelia Ameriky nemali na domestikáciu kukurice príliš veľa času. Súčasné teórie predpokladajú, že kukurica "vznikla" niekedy medzi rokmi 4000-3000 pred Kr. v údolí rieky Balzas. Vedú sa spory o tom, či išlo o postupný proces alebo o šťastnú udalosť. S niektorými druhmi teosintu sa môže kukurica krížiť, kríženci majú väčšinou zníženú životaschopnosť. Napriek tomu sa predpokladá, že v Strednej Amerike dochádza k prenosu génov medzi populáciami teosintu a kukurice.