Úsilie evanjelikov na Slovensku počiatkom 17. storočia založiť pre svoje potreby vysokú školu evanjelického charakteru sa nestretlo so žiaducim úspechom. Prešovský rektor Ján Bayer dal nový podnet k zriadeniu Vysokej škole v Prešove, aby mládež nemusela odchádzať zo zahraničia. Plán založiť Collegium scholacticum schválil konvent šiestich hornouhorských miest v roku 1665 v Prešove a potom v Košiciach. Vec sa dostala k Leopoldovi I., pretože zriadenie vyššieho štúdia mal povoliť aj kráľ, avšak on vystríhal a zakazoval bez jeho povolenia zriadiť akadémiu. Prešovský senát sa bránil, že ide iba o vyššiu školu, a to neprotirečí zákonom. Toto odôvodnenie nebolo uznané, jednalo sa však 18. októbra 1667 kolégium slávnostne otvorilo.