Søren Aaby Kierkegaard sa narodil 5. mája 1813 v Kodani. Bol siedme a posledné dieťa v rodine zámožného obchodníka, Michaela Pedersena Kierkegaarda a Ane Sřrensdatter Lund, bývalej zamestnankyne a vzdialenej sesternice Michaela Kierkegaard. Toto manželstvo bolo druhé manželstvo Michaela Kierkegaarda, ktoré nastalo rok po smrti jeho prvej manželky a štyri mesiace od Aneiného prvého tehotenstva. Jeho priezvisko je odvodené od skutočnosti, že jeho rodina bola spojená s farárom, ktorý poskytol časť kostola (Kirke) a farmu (Gaard) na užívanie rodine. Avšak názov Kirkegaard (v starších pravopisných Kierkegaard) častejšie znamená 'cintorín' alebo 'pohrebisko'. Michael mal sedem detí a len Peter Christian a Søren Aaby dosiahli vyšší vek. Tiež ťažko znášal smrť manželky a piatich detí a zmocnilo sa ho zúfalstvo. Michael bol presvedčený, že on priviedol toto prekliatie na rodinu prehreškami proti Bohu, ktoré vykonal v mladosti, a že všetky jeho deti umrú po dosiahnutí Kristovho veku. Napriek materiálnemu bohatstvu ho prenasledoval pocit skazy a smrti až do jeho smrti v 82. roku života. Majetok zdedili synovia Peter a Søren, ktorí po otcovi zdedili aj intelekt, ale aj pocit viny a melanchóliu.