Ministerstvo zdravotníctva je rozpočtovou organizáciou, zriadenou na základe zákona SNR č.347/1990 Zb. Je právnickou osobou, sídli v Bratislave a napojená je na rozpočet SR.
Štatút, ktorý schválila vláda SR v r. 1998, vymedzuje : ¬
- pôsobnosť a činnosti ministerstva
- zásady činnosti a zásady jeho vnútornej organizácie
- vzťahy ministerstva k ostatným ústredným orgánom štátnej správy a ďaľším orgánom a organizáciám
Podľa neho na čele stojí minister – člen vlády - ktorého v čase neprítomnosti alebo na základe poverenia ministra zastupuje štátny tajomník. Štátneho tajomníka menuje a odvoláva vláda, podobne ako vedúceho úradu ministerstva.
Na základe štatútu vydal minister organizačný poriadok ministerstva.