Zoborské vrchy tvoria najjužnejší výbežok pohoria Tribeč. Hlavný hrebeň má východno – západnú orientáciu. Geologické podložie tvoria vyvreté horniny (kremenné diority a granodiority) prekryté usadenými horninami (triasové kremence a vápence). Menej odolné vápence vytvárajú na území Zoborských vrchov krasové javy, v masíve najvyššieho kopca Žibrica sa nachádzajú nesprístupnené jaskynné priestory s bohatou výzdobou. Odolnejšie kremence sú z veľkej diaľky vidieť vo forme skalných útvarov v masíve vrchu Zobor, ktorý je centrom územia.
Práve pestré geologické podmienky v kombinácii s orientáciou svahov k svetovým stranám dali priestor pre rozšírenie rôznorodých typov biotopov s mnohými vzácnymi druhmi rastlín a živočíchov. Stretávajú sa tu rastliny a živočíchy typické pre nižšie pohoria Karpát s teplomilnými rastlinami a živočíchmi nížin panónskej oblasti.
Pôsobením krajinotvorných faktorov sa čoraz viac mení pôvodný ráz krajiny, pričom jej druhotná štruktúra je spôsobená najmä človekom, ale aj prírodnými faktormi. Spôsob využívania územia, kultivácia poľných a lesných častí, vytváranie nových urbanizovaných a technických prvkov určili ráz súčasnej krajiny.
Ohrozenia, ktoré môžu mať rozhodujúci vplyv na ďalší vývoj a stav biotopov Zoborských vrchov možno rozdeliť do dvoch skupín: