Štruktúra systému riadenia je tvorená sieťou vzťahov vznikajúcich na základe deľby práce, postavenia, právomocí a zodpovednosti, ale aj medziľudských vzťahov. Táto sieť prepojuje jednotlivé prvky a činnosti v celostný systém. Systémy riadenia majú zvyčajne svoje vlastné subsystémy. Samotná štruktúra riadenia je daná aj rozličnými úrovňami organizačnej štruktúry.