Nevýhodou DFT je zdĺhavý výpočet. Zo vzťahov (4.19 i 4.20) vyplýva, že pre postupnosť (vektor) s N prvkami je potrebné uskutočniť N2 komplexných násobení a N2 komplexných sčítaní. Algoritmy pre rýchly výpočet DFT sa stali po roku 1965 predmetom intenzívneho záujmu. Pre bežné používanie k výpočtom na počítači ich při vzájomnom porovnaní možno považovať za takmer rovnako efektívne. Ich rozdielnosť sa ale podstatne uplatňuje pri návrhu a realizácii jednoúčelových zariadení, tzv. FFT procesorov.