Problém tolerancie v stredoveku treba vidieť vo vtedajších politicko-cirkevných vzťahoch. Z cirkvi a štátu ako odlišných a autonómnych spoločností sa postupne vykryštalizovala jedna spoločnosť - kresťanská spoločnosť (Respublica christiana). V roku 800 sa uskutočnila korunovácia Karola Veľkého, ktorý dal vznikajúcej kresťanskej spoločnosti politickú a organizačnú jednotu. V skutočnosti to bol celkom nový cirkevno-politický organizmus, v ktorom cisárstvo a pápežstvo, každé osobne, spravovali veci svetské a súčasne cirkevné. Po smrti Karola Veľkého sa mocná ríša síce rozpadla, ale pojem cirkvi ako jedinej kresťanskej spoločnosti trval ešte celé storočia ďalej. Takáto koncepcia cirkvi ako kresťanskej spoločnosti dominovala v storočiach stredoveku a určovala charakter stredovekých cirkevno-politických vzťahov. Vysoká autorita pápežstva, ktorá sa zakladala na jednom náboženstve, podriadila si množstvo inštitúcií, ktoré tvorili rámec vtedajšieho spoločenského a verejného života. Západné kresťanstvo tvorilo v stredoveku zorganizovanú spoločnosť, v ktorej cirkev i štát tvorili jeden nerozlučný organizmus. V skutočnosti totiž cirkevná autorita podľahla tlaku svetskej moci a bola ovládaná v značnej miere mimokresťanskými praktikami. Takto sa cirkev chtiac-nechtiac zaplietla do politického boja.