Zástanca zvrhnutia monarchie sa ocitol vo veľkom ohrození, keď Karol II, syn popraveného Karola I, znovuzískal trón v roku 1660. Milton bol uštvaný a uveznený; jeho poburujúce knihy boli verejne spálené; aj keď „bol zahrnutý“ do všeobecného ospravedlnenia. V roku 1663 sa oženil s Elisbeth Minshellovou. V roku 1667 vyšla jeho dlho-plánovaný epos o páde muža, Raj stratený. V roku 1671 v pokračovaní, Raj znovunájdeným sa objavuje v jednej časti so Samsonom Agonistesom, vytvoreným na základe gréckej drámy a Book of Job.