Analýza využíva predovšetkým všeobecné metódy poznania, základom ktorých sú metódy vedeckého poznania a logického myslenia. Široké uplatnenie v analýze nachádza metóda poznávacia a metóda analyticko-syntetická. Pre všetky používané metódy v analýze je spoločné, že sú orientované na skúmanie vzťahov, ktoré v systéme vystupujú.