V spodnej časti atmosféry, v troposfére neustále dochádza k rade chemických procesov, ktorých sa účastnia tzv. stopové plyny. Aj keď sú koncentrácie týchto látok vo vzduchu veľmi nízké, majú (samy alebo produkty ich reackcií) značný vplyv na živé organizmy, s ktorými sa dostávajú do styku. Väčšina stopových plynov v atmosfére pochádza z prirodzených zdrojov, u niektorých z nich sa ale v tomto storočí vo veľkej miere podieľa na ich produkcii ľudská činnosť v priemysle, doprave a poľnohospodárstve (napr. oxid dusný, oxid siričitý, oxid uhoľnatý, uhlovodíky a zlúčeniny chlóru).