Pobrežie Japonska obmýva zo západu Japonské more a z východu Tichý oceán. Medzi najznámejšie japonské ostrovy patria: Honšú, Hokkaidó, Kjúšú a Šikoku ako aj súostrovie Rjúkjú. Tento ostrovný oblúk je súčasťou tzv. „ohnivého prstenca“ v Tichom oceáne. Tam je jedna z najaktívnejších zemetrasných oblastí Zeme. Často tu vznikajú silné zemetrasenia a sopečné erupcie. Zo 188 sopiek je 40 aj v súčasnosti činných, čo predstavuje 10% zo svetového počtu.
Hornatý ráz väčšiny ostrovov a sopečná činnosť vytvárajú ťažké prírodné podmienky. Japonci si však svoje pohoria veľmi vážia a niektoré z vrchov považujú za posvätné. Medzi ne sa radí najznámejšia hora Japonska - Fudži. Táto sopka naposledy vybuchla v 1707.
Japonci síce dlho a krásne ospevovali svoje výnimočné hory v umení a literatúre, ale faktom zostáva, že väčšina z nich žije v nížinách. To znamená, že 45% obyvateľov sa tlačí na 17% územia. Japonsko je považované za jednu z najľudnatejších krajín.