Vírus HPV spločne s Polyomavírusmi, ktoré pred tým patrili do skupiny Papovaviridae, dnes zaraďujeme do samostatnej čeľade Papillomaviridae na základe zásadnej odlišnosti genómu obidvoch rodov. Pre papillomavírusy je charakteristická druhová, ale aj tkanivová špecifickosť. Boli zistené u širokého spektra stavovcov. Okrem ľudských papillomavírusov sú známe napr. králičie alebo mačacie, no doposiaľ nebol zaznamenaný ich medzidruhový prenos. Podľa typu napadnutého epitelu rozlišujeme papillomavírusy na tie typy, ktoré napádajú sliznicu a kožu a na tie, ktoré môžu napádať kožu aj sliznicu súčastne.
Sú to relatívne malé vírusy, s neobaleným ikosahedrálnym kapsidom o priemere 52 – 55nm, ktorý je tvorený 72 pentametrickými, penta alebo hexavalentnými kapsomérami v ikosahedrálnom usporiadaní. Každá kapsoméra je tvorená dvoma kapsidovými proteínmy – majoritným L2 a minoritným L1. Majú cirkulatórnu dsDNA a môžu sa integrovať do ľudského genómu, kde sa neskôr replikujú spolu s ňou. HPV má špecifický bunkový trofizmus, čo je infekcia bazálnych buniek, ktoré sa diferencujú na dlaždicový epitel.