V pôde žije obrovské množstvo drobných organizmov. V 100 mm3 ich žije niekoľko miliónov až miliárd, pričom najviac (30-50 %) v povrchových vrstvách pôdy. V priebehu roka sa toto množstvo niekoľkokrát rozmnoží a zahynie, preto pôde hovoríme že je oživená hornina.(Z. Bedrna, 1984).
Mikroorganizmy tak ako rastliny a živočíchy potrebujú vo svojom ontogenetickom vývoji okolo seba priestor pre svoj metabolizmus a rast. Tento priestor označujeme ako životné prostredie alebo biotop. Mikroorganizmy a prostredie vytvárajú celok, ktorý je funkčne prepojený. Toto prostredie poskytuje živiny, energiu, vodu. Organizmy zase spätne pôsobia na prostredie a spolu s ostatnými organizmami formujú jeho biologické, fyzikálne a chemické vlastnosti. Životné prostredie mikroorganizmov môže byť veľmi rozmanité, ako napríklad voda, vzduch, organizmus, ale primárnym prostredím sa stáva pôda.