Jaskyne sú súčasťou prírodného dedičstva Slovenskej republiky. Zákon Národnej rady Slovenskej republiky č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny ustanovil všetky jaskyne a priepasti za prírodné pamiatky. Najvýznamnejšie z nich Ministerstvo životného prostredia SR vyhlasuje za národné prírodné pamiatky. Na Slovensku je doteraz známych vyše 4 100 jaskýň. V súčasnosti je pre verejnosť sprístupnených 12 jaskýň, organizačne začlenených do Správy slovenských jaskýň so sídlom v Liptovskom Mikuláši, ktorá zabezpečuje ich ochranu a prevádzku. Do svetového prírodného dedičstva je od roku 1995 zaradená Ochtinská aragonitová jaskyňa, Domica, Jasovská jaskyňa a Gombasecká jaskyňa, od roku 2000 aj Dobšinská ľadová jaskyňa.