Židovská komunita v období existencie vojnovej Slovenskej republiky zažila podobne ako iné európske komunity genocídu v podobe holokaustu. Početnosť tejto komunity sa pohybovala okolo 89 000 obyvateľov (podľa sčítania v roku 1930 - to bolo približne 135 000 obyvateľov), pričom po I. Viedenskej arbitráži v novembri 1938 sa približne 40.000 Židov dostalo na územia, ktoré získalo s pomocou nacistického Nemecka a fašistického Talianska - Maďarsko. Využívajúc oslabenie Československej republiky po Mníchovskom diktáte sa k moci na Slovensku dostala Hlinkova slovenská ľudová strana (HSĽS) a 6. 10. 1938 bola vyhlásená autonómia Slovenska, respektíve tzv Autonómna Slovenská krajina. Už v Žiline sa 6. 10. 1938 v Manifeste slovenského národa ozvalo ako z dielne Jozefa Goebbelsa: "...Vytrváme po boku národov bojujúcich proti marxisticko-židovskej ideológii rozvratu a násilia" 1.). Autonomistický režim sa následne za niekoľko týždňov premenil za aktívnej účasti predstaviteľov HSĽS v režim jednej strany, ale aj jednej predstavy o politickom, kultúrnom, ale nakoniec aj duchovnom a náboženskom vývoji v štáte. Na pozadí všeobecne antidemokratických zásahov sa začal prejavovať aj antisemitizmus. Už v jeseni 1938 došlo k radikálnemu zásahu proti židovskej komunite - deportáciam viac ako 7 500 Židov na územie, ktoré po Viedenskej arbitráži okupovalo Maďarsko. Tieto deportácie boli bezprostrednou reakciou Jozefa Tisu a predstaviteľov HSĽS na I. Viedenskú arbitráž (2. 11. 1938), ktorou slovenská autonómna vláda utrpela svoju prvú zahraničnopolitickú porážku. Tiso a jeho spolupracovníci potrebovali v tej chvíli nájsť "obetného baránka" zodpovedného za územné straty. Tým sa stali Židia. Deportácie boli v podstate formou kolektívneho trestu. Xenofobický pocit vedúcej politickej elity HSĽS "byť obeťou" viedol k nenávisti a priniesol už vtedy bezohľadné a neľudské "riešenie". Židovská komunita na Slovensku vykreslená ako "neslovenská a protislovenská" bola vtedy jedinou minoritou, ktorá nemala ochranu. Autonómna vláda postihla tých, na ktorých si trúfala.