Nachádza sa na severovýchode Slovenska v regióne Šariš . Toto historické a kúpeľné mesto je pre svoje zachovalé stredoveké centrum od roku 2000 zapísané mezi lokality Svetového dedičstva UNESCO.
V období feudalizmu nedostatok kvalitnej ornej pôdy ovplyvňoval rozvoj poľnohospodárstva. Významnou črtou polohy Bardejova bolo zapojenie na dva vodné toky Kľušovský potok a Sekčov, ktoré ho spájali s údolím Torysy. Tade viedlo aj najdôležitejšie cestné spojenie s Prešovom. Nadôvažok malo územie Bardejova vyslovene otvorenú zemepisnú pozíciu. V Bardejove nekončili cestné spojenia prichádzajúce od juhu. Naopak pokračovali aspoň troma prechodmi na sever za karpatský oblúk.
Hlavným vodným tokom je rieka Topľa, ktorá sa zľava postupne stretáva s Mníchovským potokom. na západnom okraji mesta, s Moliterkou pod sídliskom Vinbarg, Kamenným potokom, východne od Moliterky, Kamencom.