Geografický popis územia Bratislava sa rozprestiera na upätí pohoria Malé Karpaty. Svojou rozlohou 367,58 km² je najväčším mestom Slovenska. Leží v bezprostrednej blízkosti Rakúska a Maďarska. Je jediným hlavným mestom na svete, ktoré hraničí súčasne s dvoma krajinami (na juhu s Maďarskom, na západe s Rakúskom). Cez Bratislavu tečie rieka Dunaj, druhá najväčšia európska rieka, a oddeľuje mestskú časť Petržalka od ostatných mestských častí. V mestskej časti Devín sa do Dunaja vlieva rieka Morava, do ktorej západne od Devínskej Novej Vsi ústi riečka Mláka. Do Karloveského ramena sa západne od Dlhých dielov vlieva Mokrý potok a pri Riviére Suchá Vydrica. Pri Botanickej záhrade ústi do Dunaja potok Vydrica. Východné svahy Malých Karpát odvodňuje Račiansky kanál, ktorý sa severne od mestskej časti Vajnory spája s vodami Blatiny, ktorá ďalej ústi do Malého Dunaja. V Bratislave sa nachádza niekoľko prírodných a umelých vodných plôch, z ktorých prevažná väčšina slúži aj ako prírodné kúpaliská. Napríklad Štrkovecké jazero a Kuchajda v Ružinove, Vajnorské jazerá a Zlaté piesky pri diaľnici D1, Malý Draždiak a Veľký Draždiak v Petržalke, Rusovské a Čunovské jazero.