Počiatky múzea siahajú na začiatok 20. storočia. Súvisia s Liptovskou zbierkou, prvým mikulášskym múzeom z roku 1904. Myšlienka múzea založeného na tejto zbierke viedla po prípravnom období k založeniu Múzea slovenského krasu. Zakladajúce valné zhromaždenie sa uskutočnilo 2.6.1930. Správu múzea vykonávalo valné zhromaždenie, kuratórium a predseda. Zbierky boli inštalované v prenajatých priestoroch v budove Okresného úradu.
V druhej polovici roku 1931 si vopred ohlásené návštevy mohli pozrieť jeho zbierky, ktoré boli zamerané na najbližšie okolie Liptovského Mikuláša a kras celého Slovenska. Oficiálne sa sprístupnili v roku 1936. Koncom 40. rokov bolo múzeum centrálnou krasovou inštitúciou, v ktorej sa sústreďovali výsledky práce všetkých jaskyniarov.
V rokoch 1949 - 1955 je história múzea neoddeliteľne spojená so Slovenskou speleologickou spoločnosťou a o niekoľko rokov neskôr sa stáva vedeckým pracoviskom Slovenského múzea v Bratislave (1956 - 1960).
Od roku 1981 súvisí s Ústredím štátnej ochrany prírody, ako Múzeum slovenského krasu a ochrany prírody tvorilo inštitucionálnu základňu kultúrno - výchovného pôsobenia štátnej ochrany prírody. Okrem budovania príslušných expozícií sa položil dôraz na špecializované expozície v národných parkoch a chránených krajinných oblastiach. Prvú expozíciu ŠPR Sitno v Štiavnických vrchoch dalo múzeum do prevádzky v októbri 1987. V súlade s opatreniami na realizáciu rozvoja štátnej ochrany prírody ho Ministerstvo kultúry v roku 1987 premenovalo na Múzeum vývoja ochrany prírody. Stalo sa strediskom kultúrno - výchovnej a múzejnej práce štátnej ochrany prírody na Slovensku.