Garančný systém v SR je často chápaný ako inštitút, ktorý slúži len na čiastočnú kompenzáciu náhrad za nedostupný klientský majetok vo vybraných finančných inštitúciách. Takéto vnímanie systému garancií je však nesprávne.
Náhrada za straty, ktoré utrpeli klienti, je v garančnom systéme až poslednou inštanciou. Ochrana klientského majetku vo finančných inštitúciách má najväčšiu oporu v platnej legislatíve a začína sa už pri udeľovaní licencií, preverovaní pôvodu majetku, odbornej a morálnej spôsobilosti zodpovedných osôb, stanovovaní prísnych investičných limitov a pravidiel obozretného podnikania, pokračuje prísnou reguláciou finančných inštitúcií, dohľadom nad nimi a ich pravidelnou kontrolou, v prípade potreby zavedením nútenej správy a ozdravným procesom alebo odobratím licencie.
Až keď zlyhajú všetky tieto prvky, môže nastúpiť vyplácanie samotných náhrad. Preto je potrebné si uvedomiť, že čoraz prísnejšie kritériá pre podnikanie finančných inštitúcií, ako aj zvyšujúca sa etika podnikateľského prostredia sú najlepším garantom bezpečnosti zverených prostriedkov.