Rozmanitosť tatranskej flóry a lesov je podmienená viacerými činiteľmi ako zloženie pôd, vývoj v poľadovej dobe, pestrosť súčasnej klímy a silný vplyv človeka. Takmer 2/3 územia pokrývajú lesy a kosodrevina, 1/4 tvoria skalné plochy, vysokohorské hole, vodné plochy. Zbytok tvorí poľnohospodárska pôda. Prevažujú ihličnaté dreviny, najmä smrek. Z pôvodných druhov sa zachovala limba.
Vegetácia je rozdelená do niekoľkých výškových vegetačných stupňov. Nad výškou 2000 m n. m. rastie len okolo 40 kvitnúcich rastlín a na temeni Gerlachovského štítu už len 19 druhov. Celkove v TANAPe rastie okolo 1300 kvitnúcich druhov. Medzi nimi je viacero endemitov, ktoré sa nevyskytujú nikde inde na svete, a reliktov. Stupeň podhorský (submontánny) zaberá najnižšie časti územia do nadmorskej výšky 800 (900) m n. n. Má ráz kultúrnej stepi, pôvodných lesov sa zachovalo veľmi málo (smrekové boriny, jedľové a vápencové bučiny). Stupeň horský (montánny) je v nadmorskej výške 800 (900) až 1200 (1250) m n. m. Predstavuje lesný stupeň so smrečinami s jedľou a borovicovými smrečinami. Stupeň vyšší montánny (supramontánny) siaha od 1200 (1250) do 1500 (1550) m n. m. Je porastený vysokohorskými smrečinami s rôznymi prímesami. Stupeň podhôľny (subalpínsky) v nadmorských výškach 1500 (1550) až 1800 (1850) m n. m. je porastený kosodrevinou s rôznymi prímesami. Stupeň hôľny (alpínsky) je vo výškach 1800 (1850) až 2300 m n. m. Porastený je trávnatými spoločenstvami.