Vznik prvého mikroskopu sa datuje do roku 1590. Bol zostrojený bratmi Jansenovými, išlo však len o zabrúsené sklíčka, ktoré niekoľkokrát zväčšovali pozorovaný objekt. Antoine van Leeuwenhoek použil zabrúsené sklíčka viac krát nad sebou a dosiahol až 300 násobné zväčšenie. Zdokonalený mikroskop, ktorý predstavoval sústavu šošoviek v olovenej trubke, bol skonštruovaný až v roku 1610 GALILEOM. V súčasnosti sa využívajú dve druhy mikroskopov: svetelný (optický) a elektrónový mikroskop.