V 3. a 4. storočí pred n.l. sa na území Stupavy usadili Kelti, o čom svedčia nálezy keltských mincí typu „Biatec“. Keltská civilizácia bola rozrušená príchodom Rimanov a na začiatku 1. stor. n. l. postavili dva vojenské tábory, jeden v Bratislave a druhý v Stupave. Pravdepodobne v r. 6 na začiatku 1. stor. vstúpili Tibériove vojská na územie Stupavy. Na víťaznom stĺpe Marka Aurélia v Ríme z r. 180 n. l. je v reliéfe zvečnený aj „Stupavský rímsky tábor“. Začiatkom 5. stor. n. l. Rimania opúšťajú postavenie na strednom Dunaji. Natrvalo sa tu usadili Slovania. Začiatkom 9. stor. sa utvárajú základy Veľkomoravskej ríše. Po jej rozvrátení Maďarmi r. 906 vzniká rannofeudálny Uhorský štát. Do týchto dejín sa významne zapísala Stupava svojim hradom, ktorý údajne bol sídlom župy.
Prvá písomná správa o Stupave pochádza z roku 1269 z listiny uhorského kráľa Bélu IV. V tom čase je názov Stupavy - Ztumpa. Od roku 1288 je záznam používania názvu aj Stumpa, v roku 1314 Stampha, 1373 Stompa, 1528 Sthomffa aliter Borosthyankew. Pôvod názvu mesta vychádza zo slovanského jazyka, kde stupa znamená lis na olej. Najstarší lis sa skladá z troch častí a sú zobrazené v erbe, ktorý je doplnený o kvet konope. Od roku 1773 mala Stupava tri názvy: slovenský - Stupawa, nemecký - Stampfen, a maďarský - Stomfa.